в универсальной выгрузке-загрузке есть отборы. при том, мегогибкие.
а по поводу задвоения... раз у них, реально не совпадают УИДы, то, мне кажется, проще написать обработку, чтоб погрохала дубли после загрузки данных.
ИМХО, это самый простой и надежный способ.